CO2固定を行う光合成細菌の系統・遺伝子解析¶
📋 概要¶
- 研究目的: CO2固定を行う光合成細菌の系統・遺伝子解析を実施
- 調査手法: PubMed、NCBI Taxonomy、UniProtデータベースを活用し、3つの主要系統群（緑色硫黄細菌、紫色細菌、シアノバクテリア）について光合成関連遺伝子の保有状況を調査
- 成果物: 系統×遺伝子の比較解析表、包括的技術レポートを生成し、各系統特異的な遺伝子セットと炭素固定経路の多様性を解明
- 消費クレジット: 636
🎥 実際の記録を見る¶
実際に記録された操作を確認してみましょう：
🎯 指示内容¶
# CO2固定を行う光合成細菌に関する系統・遺伝子解析
以下の手順で、CO2固定を行う光合成細菌について調査・解析を行ってください。
1. 初期調査：CO2固定光合成細菌のリストアップ
- PubMed、PMC等の論文データベースを検索し、CO2固定を行う光合成細菌の種をリストアップする
2. 系統情報の整理
- リストアップした各生物種について、以下の分類階層の情報を表形式でまとめる：
- Domain / Phylum / Class / Order / Family / Genus / Species
3. NCBI Taxonomyでの同定
- 各種についてNCBI Taxonomy Databaseで正式な分類を確認し、Taxonomy IDを取得する
4. 光合成関連遺伝子をリストアップ
5. UniProtでのゲノム解析
- 各生物種について、UniProtデータベースで上記の光合成関連遺伝子の保有状況を調査
6. 比較解析表の作成
- 最終的に以下の形式の比較表を作成する：
- 行：生物種（系統情報付き）
- 列：光合成関連遺伝子
- セル：保有（○）/非保有（×）
7. レポートの作成
- 表と合わせて、調査結果のサマリーを作成し、レポートとしてまとめる
- 共通して保有されている遺伝子、系統特異的な遺伝子に注目すること
🤖 Manusによる作業プロセス¶
Manusはリクエスト内容を整理し、以下の手順で進めました。
計画¶
# CO2固定光合成細菌の系統・遺伝子解析 - タスク進捗
## フェーズ1: 初期調査：CO2固定光合成細菌のリストアップ
- [ ] PubMed/PMCでCO2固定光合成細菌に関する論文を検索
- [ ] 光合成細菌の種をリストアップ
- [ ] 調査結果を中間ファイルに保存
## フェーズ2: 系統情報の整理とNCBI Taxonomyでの同定
- [ ] 各種の分類階層情報を調査
- [ ] NCBI Taxonomy DatabaseでTaxonomy IDを取得
- [ ] 分類情報を表形式で整理
## フェーズ3: 光合成関連遺伝子のリストアップ
- [ ] 光合成関連遺伝子を文献調査
- [ ] 遺伝子リストを作成
## フェーズ4: UniProtでのゲノム解析
- [ ] 各生物種の光合成関連遺伝子保有状況を調査
- [ ] UniProtデータベースで遺伝子情報を収集
## フェーズ5: 比較解析表の作成
- [ ] 生物種×遺伝子の比較表を作成
- [ ] 保有/非保有の情報を整理
## フェーズ6: レポートの作成と結果の提供
- [ ] 調査結果のサマリーを作成
- [ ] 共通遺伝子と系統特異的遺伝子を分析
- [ ] 最終レポートを作成
調査¶
- 文献データベース検索: PubMed、PMCでの系統的な文献調査
- 分類学的同定: NCBI Taxonomyでの正確な分類情報の取得
- 遺伝子情報収集: UniProtでの遺伝子保有状況の詳細調査
- データ統合: 複数のデータソースからの情報を統一フォーマットで整理